Søknader til FFU behandles etter samme retningslinjer og krav som søknader til Samarbeidsorganet, men administreres av ansatte ved Fakultet for medisin og helsevitenskap, NTNU, og vurderes av egen komite.
Ved vurdering av søknader til FFU er det Arbeidsutvalget for FFU som utarbeider forslag til innstilling på grunnlag av rangering fra den vitenskapelige komiteen. Også her vil det tas hensyn til brukermedvirkning, samarbeid mellom klinikk og institutt og gjeldende strategiske mål. Innstillingen godkjennes i FFU før endelig vedtak om tildeling fattes av Samarbeidsorganet.
For søknader til Felles Forskningsutvalg kreves det samarbeid mellom MH-fakultetet og St. Olavs hospital, uavhengig av hvilken institusjon søknaden kommer fra.